1、种植环节优惠
1）农业生产者销售的“自产”农产品免征增值税。农产品满足以下条件：（1）从事种植业、养殖业、林业、牧业、水产业的单位和个人生产的初级农产品免征增值税；（2）农产品应当是列入《农业产品征税范围注释》(财税字〔1995〕52号印发)的初级农业产品。*“农业生产者”是指直接从事农业生产的单位和个人，不包括农产品加工企业。
2）农民专业合作社：对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
3）采取“公司＋农户”经营模式从事畜禽饲养，纳税人回收再销售畜禽，属于农业生产者销售自产农产品，免征增值税。
4）制种企业在特定生产经营模式下，生产销售种子属于农业生产者销售自产农业产品免征增值税：（1）制种企业利用自有土地或承租土地，雇佣农户或雇工进行种子繁育，再经烘干、脱粒、风筛等深加工后销售种子；（2）制种企业提供亲本种子委托农户繁育并从农户手中收回，再经烘干、脱粒、风筛等深加工后销售种子。*对企业外购苗木种植一段时间后再销售，可以视同自产农产品免缴增值税。
2、加工环节优惠
自产农产品初加工后属于列举的初级农业产品范围：免征增值税；销售外购农产品、外购农产品加工后销售征收增值税：属于《农业产品征税范围注释》列举的初级农产品范围适用9%，不属于列举的范围适用13%税率。
3、流通环节优惠
1）对承担粮食收储任务的国有粮食购销企业销售粮食、大豆免征增值税，并可对免税业务开具增值税专用发票。其他粮食企业：军队用粮、救灾救济粮、水库移民口粮免征增值税。
2）从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税。蔬菜是指可作副食的草本、木本植物，包括各种蔬菜、菌类植物和少数可作副食的木本植物。蔬菜的主要品种参照《蔬菜主要品种目录》执行。经挑选、清洗、切分、晾晒、包装、脱水、冷藏、冷冻等工序加工的蔬菜，属于本通知所述蔬菜的范围。各种蔬菜罐头不属于本通知所述蔬菜的范围。蔬菜罐头是指蔬菜经处理、装罐、密封、杀菌或无菌包装而制成的食品。纳税人既销售蔬菜又销售其他增值税应税货物的，应分别核算蔬菜和其他增值税应税货物的销售额;未分别核算的，不得享受蔬菜增值税免税政策。
3）从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税。免征增值税的鲜活肉产品，是指猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅及其整块或者分割的鲜肉、冷藏或者冷冻肉，内脏、头、尾、骨、蹄、翅、爪等组织。免征增值税的鲜活蛋产品，是指鸡蛋、鸭蛋、鹅蛋，包括鲜蛋，冷藏蛋以及对其进行破壳分离的蛋液、蛋黄和蛋壳。不包括《中华人民共和国野生动物保护法》所规定的国家珍贵、濒危野生动物及其鲜活肉类、蛋类产品。从事农产品批发、零售的纳税人既销售部分鲜活肉蛋产品又销售其他增值税应税货物的，应分别核算上述鲜活肉蛋产品和其他增值税应税货物的销售额；未分别核算的，不得享受部分鲜活肉蛋产品增值税免税政策。
4）对边销茶生产企业销售自产的边销茶及经销企业销售的边销茶免征增值税。是指以黑毛茶、老青茶、红茶末、绿茶为主要原料，经过发酵、蒸制、加压或者压碎、炒制，专门销往边疆少数民族地区的紧压茶、方包茶（马茶）。
4、对从事农业机耕、排灌、病虫害防治、植保、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、牲畜、水生动物的配种和疾病防治工作所取得的收入，免征增值税。
4、土地租赁环节优惠
1）纳税人将国有农用地出租给农业生产者用于农业生产，免征增值税。2）将土地使用权转让给农业生产者用于农业生产，免征增值税。3）纳税人采取转包、出租、互换、转让、入股等方式将承包地流转给农业生产者用于农业生产，免征增值税。
5、农产品增值税抵扣：
1）按收购发票计算抵扣：开具收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。反向开具农产品的范围：限于农业生产者个人
2）按销售发票计算抵扣：取得农产品销售发票的，以销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。农业生产者个人自开数电发票：自产自销农产品手机上可以代开自产农产品发票。
3）按3%专票计算抵扣：从小规模纳税人处取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。1%专票：取得小规模纳税人开具的1%增值税专用发票，只能抵扣1%，不可以抵9%（或10%）。从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得的增值税普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。批发、零售开具的免税发票不能计算抵扣。
4）一般纳税人开具的增值税专用发票。
5）海关进口增值税专用缴款书。
6）1%加计抵扣：纳税人购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。加计抵扣时间：领用农产品时加计。纳税人购进农产品既用于生产销售或委托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的：应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
7）农产品核定扣除：（1）投入产出法；（2）成本法；（3）参照法。
二、企业所得税
1、种植环节
1）销售自产农产品免征企业所得税：（1）蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；（2）农作物新品种的选育；（3）中药材的种植；（4）林木的培育和种植；（5）牲畜、家禽的饲养；（6）林产品的采集；（7）远洋捕捞。减半征收企业所得税：（1）花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植；（2）海水养殖、内陆养殖。*企业从事国家限制和禁止发展的项目，不得享受企业所得税减免优惠。
2）企业将购入的农、林、牧、渔产品，在自有或租用的场地进行育肥、育秧等再种植、养殖，经过一定的生长周期，使其生物形态发生变化，且并非由于本环节对农产品进行加工而明显增加了产品的使用价值的，可视为农产品的种植、养殖项目享受相应的税收优惠。主管税务机关对企业进行农产品的再种植、养殖是否符合上述条件难以确定的，可要求企业提供县级以上农、林、牧、渔业政府主管部门的确认意见。
3）"公司＋农户"经营模式：自2010年1月1日起，以“公司＋农户”经营模式从事农、林、牧、渔业项目生产的企业，可以享受减免企业所得税优惠政策。采取“公司＋农户”经营模式从事牲畜、家禽的饲养，即公司与农户签订委托养殖合同，向农户提供畜禽苗、饲料、兽药及疫苗等(所有权〈产权〉仍属于公司)，农户将畜禽养大成为成品后交付公司回收。
2、加工环节
1）自产或外购农产品初加工适用企业所得税减半优惠的种植、养殖项目，并直接进行初加工且符合农产品初加工目录范围的，企业应合理划分不同项目的各项成本、费用支出，分别核算种植、养殖项目和初加工项目的所得，并各按适用的政策享受税收优惠。外购的农产品、外购初加工的农产品直接销售不能享受企业所得税减免。
2）农产品初加工服务：农产品进行初加工服务,其所收取的加工费,免征企业所得税。
3）自产或外购农产品精加工销售分别核算是否享受企业所得税减免？不能！
三、个人所得税优惠
1、对个人或个体户从事种植业、养殖业、饲养业、捕捞业，且经营项目属于农业税（包括农业特产税）、牧业税征税范围的，其取得的“四业”所得暂不征收个人所得税。
2、对个人独资企业和合伙企业从事种植业、养殖业、饲养业和捕捞业，其投资者取得的“四业”所得暂不征收个人所得税。销售的是外购的农产品，需要缴纳个人所得税。
3、个人取得青苗补偿收入免征个人所得税。
四、印花税优惠
1、的收购部门与村民委员会、农民个人书立的农副产品收购合同，免纳印花税。
2、对商品储备管理公司及其直属库营业账簿免征印花税；对其承担商品储备业务过程中书立的买卖合同免征印花税，对合同其他各方当事人应缴纳的印花税照章征收。
3、农民、家庭农场、农民专业合作社、农村集体经济组织、村民委员会购买农业生产资料或者销售农产品书立的买卖合同和农业保险合同免征印花税。
4、对增值税小规模纳税人、小型微利企业和个体工商户减半征收印花税。
五、房产税、土地使用税优惠
1、对农产品批发市场、农贸市场(包括自有和承租)专门用于经营农产品的房产，暂免征收房产税和城镇土地使用税。对经营其他产品的农产品批发市场和农贸市场使用的房产，按其他产品与农产品交易场地面积的比例确定征免房产税和城镇土地使用税。
2、对商品储备管理公司及其直属库自用的承担商品储备业务的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税。
3、对农林牧渔业的生产用地和农民居住用房屋及土地，不征收房产税和土地使用税。
4、对增值税小规模纳税人、小型微利企业和个体工商户减半征收房产税。
