高新技术企业必须以总公司即法人单位为认定主体，分公司不具有独立的法人资格，不是居民企业，不能独立认定为高新技术企业。在高企申报过程中，申报单位需要提供包括财务数据、研发数据、人员数据等在内的一系列数据。这些数据用于评估申报单位是否符合高新技术企业的认定标准。由于分公司是总公司的一部分，其数据自然应当纳入总公司的高企申报中。高新技术企业认定是包括分公司的财务数据（如收入、成本、利润等）、研发数据（如研发投入、研发成果等）以及人员数据（如研发人员数量、学历结构等）。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条规定“……居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。”现行企业所得税实行法人税制。分公司作为总公司的分支机构，其不具备独立的法人资格。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，只有具备法人资格的企业才能独立承担民事责任，包括申请高新技术企业。分公司无法单独申请高新技术企业。由于企业所得税施行的是法人纳税制，在申请高新技术企业资格认定时就已经包含了同一法人主体下的总分公司，即总分公司作为一个整体来纳税。分公司如果并入总机构汇总缴纳企业所得税，实际上是同一法人主体，是可以享受高新技术企业的15%的优惠税率。
对于境外设立的分公司，根据《财政部 国家税务zongju关于高新技术企业境外所得适用税率及税收抵免问题的通知》(财税〔2011〕47号)规定，“以境内、境外全部生产经营活动有关的研究开发费用总额、总收入、销售收入总额、高新技术产品(服务)收入等指标申请并经认定的高新技术企业，其来源于境外的所得可以享受高新技术企业所得税优惠政策，即对其来源于境外所得可以按照15%的优惠税率缴纳企业所得税，在计算境外抵免限额时，可按照15%的优惠税率计算境内外应纳税总额。”
总公司属于高新技术企业，相应设立的分公司，包括境外设立的分公司，均可以享受15%优惠税率。对其来源于境外所得可以按照15%的优惠税率缴纳企业所得税，在计算境外抵免限额时，可按照15%的优惠税率计算境内外应纳税总额。
