液相色谱技术是检测蛋白含量是ELISA法的补充，相较于ELISA法具有更好的特异性，且不受特异性的抗体等关键试剂的限制，是评价蛋白质的纯度，对其定性定量的有力工具，常用于蛋白残留的几种方法包括：反向高效液相色谱（RP-HPLC）、离子交换色谱（IEC）、分子排阻色谱（SEC）。
反向高效液相色谱（RP-HPLC）是一种在化学分析中广泛应用的液相色谱技术。它主要由非极性固定相和极性流动相组成，与正相色谱（由极性固定相和弱极性流动相组成）相对。RP-HPLC的典型固定相是十八烷基键合硅胶，而典型的流动相则包括甲醇和乙腈。几乎可以用于所有能溶于极性或弱极性溶剂中的有机物的分离。
在蛋白质分析中，将蛋白样品进行适当的处理，如浓缩、脱盐、溶解等。根据蛋白的性质选择合适的流动相和固定相。样品通过自动进样装置注入色谱柱后，通过改变流动相的极性，蛋白质将按照其亲水性或疏水性在色谱柱上分离。Zui后，色谱仪通过紫外检测器将分离出的蛋白质转变为电信号，进而转化为色谱图，通过色谱图上的峰来判断蛋白质的含量和纯度。该方法对几种蛋白质特别有用，并广泛应用于胰岛素的质量分析。
离子交换色谱（IEC）是一种利用离子交换剂作为固定相，根据流动相中的组分离子与交换剂上的平衡离子进行可逆交换时的结合力大小的差别来分离化合物的色谱方法。蛋白质等生物大分子通常呈两性，它们与离子交换剂的结合与它们的性质及pH有较大关系。在蛋白质分离中，离子交换层析根据在一定pH条件下，蛋白质所带电荷不同而进行分离，在实验室分析和纯化方面具有显著优势。
分子排阻色谱（SEC）根据分子体积（或分子量）的大小来进行分离，这种分离过程不依赖于分析物和色谱柱固定相之间的任何化学作用。是一种高效、灵活的分析工具，适用于多种大分子化合物的分离和分析，特别是在蛋白质纯度分析和定量分析方面具有显著优势。可用于测定聚集体和从较大分子量的蛋白质中分离低分子量的赋形剂和杂质。
实验室开发利用液相色谱等对蛋白质残留进行定量测定，在保持酶高效性的基础上尽量减少酶在产品中的残留，优化生产工艺中酶的稳定性等。适用于生物制药领域中酶催化类、半发酵类、微量蛋白残留、疫苗残留、菌体蛋白残留等，为各类蛋白/酶残留提供高效的解决方案，全面的蛋白酶残留研究策略。
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