一、应交增值税及附加税费
《增值税暂行条例实施细则》第四条规定，设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，视同销售货物：但相关机构设在同一县（市）的除外。
《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）规定，
1、城建税以纳税人依法实际缴纳的增值税、消费税（以下称两税）税额为计税依据。
2、城建税的纳税义务发生时间与两税的纳税义务发生时间一致，分别与两税同时缴纳。同时缴纳是指在缴纳两税时，应当在两税同一缴纳地点、同一缴纳期限内，一并缴纳对应的城建税。
所以，增值税是属地原则，无论是子公司还是分公司，如果不在同一县（市），除国家税务总局另有规定统一缴纳增值税外，与总公司之间应独立纳税，移送货物用于销售的，要视同销售。
与增值税一同缴纳的附加税费，在缴纳增值税时，同时缴纳。
二、应交企业所得税
《企业所得税法》第五十条规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
《企业所得税法实施条例》第一百二十五条规定，企业汇总计算并缴纳企业所得税时，应当统一核算应纳税所得额。
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号）第二十四条规定，以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定，其独立纳税人身份一个年度内不得变更。
因此，企业所得税是法人纳税原则；子公司是法人，独立计算缴纳企业所得税；分公司不是法人，应当与总公司一起汇总计算并缴纳企业所得税；如果分公司不能提供分配表与相关证据，不执行企业所得税总分支机构分摊办法，按独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
按总分支机构汇总缴纳企业所得税的，总机构应填报《汇总纳税总机构所属分支机构企业所得税分配比例计算表》，于每年3月20日之前（各地具体规定可能有差异）到主管税务机关办理分支机构企业所得税分摊比例备案，按照总分机构上年度营业收入、职工薪酬、资产总额三项因素各自金额计算总分支机构企业所得税分摊比例。
分公司应缴纳的企业所得税，为总分公司应交企业所得税总额*50%*分摊比例计算的应交企业所得税。
计算公式：
（1）总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
（2）所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
①某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
②某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
具有主体生产经营职能的二级分支机构就地分摊缴纳企业所得税，具体是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构，不分摊企业所得税。
以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
1、不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
2、上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
3、新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
4、当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
5、汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
以下二级分支机构就地分摊缴纳企业所得税：
1、在分摊企业所得税时，总公司如果从事生产经营，应视同一个二级分支机构，参与分支机构企业所得税分摊；因此，总公司应缴纳的企业所得税包括二部分：总机构分摊的税款（50%）+总公司作为分机构参与计算分配的50%的部分。
2、汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级分支机构，不视同当年新设立的二级分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
3、汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构、二级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级分支机构，不视同当年新设立的二级分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
因此，可以解释一个现象，为啥各地政府都希望引进企业总部，因为有企业所得税聚集效果；总分公司应纳企业所得税总额，首先要计算50%在总部缴纳，应分摊的50%，总公司也参与计算缴纳；实际效果，总分公司80%以上的企业所得税都在总部缴纳。同时也反映出为啥各地在招商引资提供土地时，要求注册子公司而不是分公司，因为子公司的企业所得税全部在当地缴纳，分公司是按比例分摊，而且分配方案由总公司主管税务机关确定。
