“两票制”，即禁止药品流通过程中多个流通环节层层开票。要求仅在药品从生产企业到流通企业开一次发票，从流通企业到医疗机构开一次发票。鼓励公立医疗机构与药品生产企业直接结算药品货款、药品生产企业与流通企业结算配送费用。
“两票制”推行的初衷，除了净化药品流通环境、打击商业贿赂、降低药品价格虚高等外，也有其税法意义——打击发票虚开、偷逃税款等。
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“两票制”导致的药品生产企业的风险
“两票制”实施前，制药企业将药品销售给医药经销商，经过多层经销商流转，层层加价，Zui终销售至医疗机构，整个过程中制药企业向医药经销商、以及医药经销商之间开具发票不受限制。而“两票制”实施后，制药企业将药品销售至医疗机构，不得通过医药经销商流转，且只可通过一级配送商配送。
“两票制”实施前后的货物流和发票流对比图
“两票制”实施前制药企业向医疗机构销售药品时通过医药经销商层层加价的部分无法通过配送商这一环节解决，该部分加价只能反映在制药企业向医疗机构开具的发票中，这样，制药企业的销售额会大幅提高，增值税销项税额以及相关的附加税会大幅增加，如果制药企业无法提供更多的增值税进项税发票予以抵扣，增值税负担会大幅加重，由于制药企业的销售额大幅提高，如果无法提供更多的成本费用发票，制药企业的企业所得税税负也会大幅提高。
一些不合规的制药企业往往会通过虚构费用支出、接受虚开的增值税发票等方式削减成本费用，将“两票制”实施前的医药经销商的利润对应的部分套现，通过不合规的手段返还给医药经销商，这一点Zui直接的体现是制药企业销售费用、会议费、广告费激增、虚开增值税发票等风险增大。
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案例分析
医药企业常见四个税务风险点
案例一：违反税收法规肆意扩大研发费
税前扣除范围
医药生产企业每年都会投入不少资金用于研发活动。一些医药企业没有深入研究现行税收法规的具体规定，扩大了研发费用加计扣除范围，导致出现税务风险。
检查人员审核A药企费用列支情况时发现，该企业在研发费归集中存在以下不规范的行为:
1.将本年度以前购买的用于研发项目的设备，一次性从固定资产清理中转入“管理费用--研发费用”，并于该年度所得税汇算清缴时做加计扣除。
2.将非研发人员的工资、通讯和差旅、食宿等费用支出计入“管理费用--研发费用”科目，一并加计扣除。
稽查人员认为，企业按照会计制度归集的研发费内容并不符合现行税收法规中可以加计扣除的研发费范围，企业不能按照会计制度的要求做研发费用的税务处理，否则会扩大研发费用加计扣除的范围。
合规建议:
医药企业研发工艺复杂、设备专业性强、技术要求高的特点促使其在研发费用归集标准上更多参照科技、医药部门要求。税收法规规定可以加计扣除的研发费与企业会计核算的研发费在内容及范围上是有所区别的，税法规定的范围要小于企业会计核算的范围，扣除内容则更严苛。医药企业对超过范围的研发费用应加大税务风险防范措施。
案例二：用餐费列支会议费，缺少实质凭据
某省税务机关对某医药制造B企业开展例行检查，发现该企业“销售费用”下的二级科目“会议费”列支金额占其“销售费用”73%，药企员工在“会议费”中报销的餐饮费，占该二级科目金额85%以上，与会议相关的场地费、交通费、住宿费和租赁费等合计不到18%。稽查人员按该企业年均会议费发生额估算，该医药企业近3年的餐费竟高达近5亿元，直接将50%的药品制造毛利率水平拉低20%，检查人员对此提出了疑问。
稽查人员认为，餐费并不等同于业务招待费，更不能简单地理解其与正常经营无关。但被查企业仅以餐费发票作为核算会议费的唯一报销凭据，会议的真实性难以解释。企业邀请函上注明的会议地点，举办时间与餐费的刷卡支付凭单中的时间不符，且检查人员均无法取得第三方能够证明会议真实性的证据资料。
合规建议:
针对该企业，建议医药企业在列支会议费时，高度重视会议费列支的要求。税务机关在执法过程中注重形式要件，即列支会议费的相关凭证应反映会议时间、地点、出席人员、内容和费用标准等，发票作为原始凭证是至为重要的证据。
根据《发票管理办法》第二十一条和《发票管理办法实施细则》第二十六条之规定:填开发票的单位和个人必须在发生经营业务确认营业收入时开具发票。未发生经营业务一律不准开具发票，而餐费发票只能证明用餐的事实，并不能反映用餐以外的其他内容。医药代表等业务人员报销时，财务人员除了审核发票真伪以外，还应审核发票反映的业务实质及相关联的会计凭证，避免形式和事实不符。
案例三：以包装来核定试用推广药价格
导致视同销售计税价明显偏低
药企向医疗机构或药店免费提供样品药是很常见的营销手段。此类免费赠送的药品，在税务处理上需做视同销售处理。一些医药企业采用错误的方法核定视同销售收入，导致视同销售的计税价格明显低于正常售价，从而带来税务风险。
在检查C企业过程中，随机抽查视同销售业务中几种样品药的计税价格，发现该企业在确定样品药视同销售价格时，基本采用的是“成本加成法”。
《增值税暂行条例实施细则》第十六条规定，成本加成是核定视同销售收入额可以采用的Zui后一种方法，在使用前两种方法仍无法获得同期同类价格时才能采用。检查人员深入调取了C企业近2年同类药品出厂价，发现企业在处理样品药视同销售时未参考同期同类价格，进而导致视同销售的计税价格明显低于正常售价。
稽查认为，视同销售价格指的是货物价格，不应受规格和包装等因素影响。更重要的是，《增值税暂行条例实施细则》相关规定的关键词，是“同类”而非“相同”，对企业的解释不予认同。税局认为，考虑到样品或试用药的特殊性，无论企业基于何种原因向医疗机构提供样品药，仍须遵守药监局等相关管理机构的规定，也需考虑成本。样品药包装规格一般不同于正常流通的药品，若以包装规格不同来推断，样品药自然不同于销售的标准药品。无论是《增值税暂行条例》还是《企业所得税法》，对“视同销售”价格的规定针对的都是货物，而非包装。样品药的视同销售价格不难找到，企业核定视同销售收入的方法使用错误。
合规建议:
药企发生对外提供样品药、赠送和投资等视同销售业务时，一要把握《增值税暂行条例实施细则》第十六条规定的三种方法的处理次序，不要动辄采用成本加成方法；二要把握“同期同类”的含义，不要于“相同”。三是要正确理解视同销售指的是货物，该货物应是能够带来经济利益的主要载体。显然，不同的包装或不同的销售策略无法改变货物的实质。
案例四：中医药企向农户采购药材涉嫌虚开发票
对中医药企业而言，日常经营活动中向农户购买原材料是不可避免的，容易产生虚开收购发票和虚列成本的行为，面临税务风险。
在检查D中医药企业时，检查人员发现该企业存在大量的农产品收购发票，以个人名义开具的收购发票金额从几千元到几十万元不等，遂核实企业的存货出入库和银行资金往来情况。发现存货、资金和发票的数量金额不符，实际材料库存没有达到发票数量，采购材料的实际付款与账面金额有较大差异。
稽查人员认为，从农户直接收购中药原材料，由采购方出具农产品收购发票，没有购销双方的制约，对交易的真实性存疑。尤其是在农产品收购业务多，现金交易多的情况下，若纳税人虚开收购发票或多开收购金额，不仅能多抵扣增值税，且可能多列生产成本，减少应纳税所得额，涉嫌虚开行为。
合规建议:
出现收购中药原材料虚开问题的原因有：一是部分药企直接面向农户收购，大量使用现金，通过金融机构无法查清资金流向；二是企业对税收法规不熟悉，企业对免税农副产品的范围不了解，对可开具收购发票的范围不清楚。经税务机关检查，才知道许多收购发票不符合规定，其进项税额不允许抵扣；三是主观故意，收购发票由收购单位自行填开，自行申报抵扣，没有购销双方的约束机制。有的企业就将收购凭证当成调jieshui款的工具，甚至当成偷税的手段。
企业应建立专门的中药原材料收购台账，中药原材料的购进和出库等各环节要有专人记录、签字。企业应主动寻求税务机关的辅导，积极配合上报企业的生产规模、生产能力和合理损耗等信息，从而规避企业虚开发票虚增成本的税务风险。再是企业内部应加强对采购人员及财务人员的培训，让其熟悉农产品的采购流程和发票使用、索取和开具等相关知识，避免因常识性错误导致无可挽回的经济和声誉损失。
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药企财税合规管理建议
1.完善统一合规管理组织体系
随着税收征管的数字化和智能化改革的不断推进，监管机构对医药企业的监管必定会是全方位的，医药企业也必须建立统一的合规管理组织体系，通过企业内部一系列的规章制度对企业的业务流程进行规范，并随着相关法律法规规定的变化不断补充完善。
在财税合规方面，医药企业务必要做到货物流、资金流、合同流、发票流四流合一，具体而言至少需要采取以下措施：
（1）加强货物流程合规。医药制造企业的原料采购、生产加工、产品销售全流程应当严格遵守《药品经营质量管理规范》，做好文件记录，保证数据完整真实，有迹可循，货运单据等凭证符合相关规定。
（2）重视资金使用合规。严厉杜绝利用私人账户进行资金收付、经营，切勿出现企业股东、管理人员的账户与企业账户交叉使用的情况，尽量减少现金的使用，对股东向企业借款事项进行严格限制和约束。
（3）注重发票合规。接受发票时需要审查交易是否真实、是否有对应的合同、款项支付情况等，对于未曾合作和很少合作的企业开具的发票，需要对对方进行必要的背景调查，防止接受虚开增值税发票的风险。
（4）注重学术会议、营销、推广、广告等费用的合规。对于服务开展的必要性和真实性、服务内容、服务价格等进行审查。
（5）加强合同合规。在合同订立与合同审批过程中，除注重常规的法律风险外，还应当考虑合同条款约定是否符合新收入准则的规定，以及合同条款对应的企业税负问题。
2.提高财务信息化水平
医药企业应当根据自身特点和成本效益原则，将信息技术应用于企业税务管理的各项工作之中，提高企业财税管理的信息化能力。具体而言可以考虑以下方面：
（1）建立覆盖全税种的企业发票管理数据库，通过技术和设备的升级将所有发票信息录入数据库，并与企业的库存、财务等数据进行相互匹配验证，为企业提供准确、全面的参考数据。
（2）建立上下游企业涉税信息数据库，对上下游企业等资信情况进行全面掌握，积极获取相关企业等发票数据，确保与上下游的交易真实有效，发票信息准确无误。
（3）对销售代表等员工报销申请材料上传报销平台系统审核和备查，根据对发票等相关报销材料等核查结果同步财务出纳系统，有效拦截可疑发票的支付。
（4）对于购进环节发票通过OCR等技术手段将纸质发票录入系统进行自动化验证。
（5）建立和完善医药企业发票核查管理制度，通过企业办公系统流程等予以落实，使得发票管理措施在企业内部各部门中得到有效实施。
3.借助专业的税务师、律师事务所
在“两票制”背景下，医药行业企业采用购销分离模式，更有利于保持上下游交易的独立性，防止虚开风险往核心层公司蔓延，锁定经济损失，把控法律风险，做好为风险隔离。