1、未勾选的发票被作废
政策依据： 作废增值税专用发票须在新系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质增值税专用发票(含未打印的增值税专用发票)各联次上注明“作废”字样，全联次留存。具有下列情形的，为本条所称作废条件：(1)收到退回的发票联、抵扣联，且时间未超过销售方开票当月;(2)销售方未抄税且未记账;
(3)购买方未认证，或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”“增值税专用发票代码、号码认证不符”。2、勾选的发票被作废。发票被购买方已经勾选过，销售方是不能作废的，实际呢？系统没有管控这个，简单的说，只要开具当月，销售方在其开票系统都能作废发票的数据电文。已经勾选的发票，如果被供应商作废，自己的税务系统就会出现异常。被作废的发票会出现在异常发票清单内。
这时候，作为购买方的会计，工作量就要上来了。异常发票一定要转出的，是供应商违规作废，我们也要转出。转出后需要补税。当期的相关分录也需要调整如下：借：库存商品/原材料贷：应交税费-应交增值税-进项税额转出PS：先把进项税转入原材料与库存商品的成本中去，但库存商品与原材料单价不要做调整，毕竟下个月供应商会把发票开过来。调整出库单价徒添工作量。如果当月补齐则需要转至未交增值税，分录如下：借：应交税费-应交增值税-进项税额转出
贷：应交税费-应交增值税-转出未交增值税借：应交税费-应交增值税-转出未交增值税
贷：应交税费-未交增值税借：应交税费-未交增值税
贷：银行存款PS：相应的附加税也会提高，当期附加税需要追加做分录。3、全电发票会出现这个问题吗？全电发票已经没有了作废，就不存在供应商恶意作废的情况了。如果开错的发票，数电票进行红冲，这种红冲发票只能购买方同意后才能红冲生效。
4、红冲发票注意的事项①、红冲发票原因的选择 冲红原因应由纳税人根据业务实际确定。需要注意的是，如原蓝字发票商品服务编码仅为货物或劳务时，红冲原因不允许选择“服务中止”；商品服务编码仅为服务时，红冲原因不允许选择“销货退回”。②、红冲操作的确认时限要求试点纳税人发起红字发票开具流程后，对方的确认有时限要求：发起冲红流程后，开票方或受票方需在72小时内进行确认，未在规定时间内确认的，该流程自动作废，需开具红字发票的，应重新发起流程。③、红冲发票对可用授信额度的影响红冲本身是减少开票额度，理应增加开票授信额度。但不是所有的红冲都会增加授信额度。
a、增加授信额度的红冲：当月非销售折让的红字发票，增加当月授信额度。
b、不增加授信额度的红冲：跨月红冲或销售折让红冲不增加授信额度。
④、部分红冲的操作。部分红冲，只能购买方发起，销售方无法改变金额发起部分红冲。冲红原因为“开票有误”时；蓝字发票对应的“增值税优惠用途标签”为“待农产品全额加计扣除”或“已用于农产品全额加计扣除”；“差额征税发票必须全额红冲，不能部分红冲。