法人股东转让股权，根据所持股权的类别，有不同的涉税处理，股权分为流通股和非流通股，流通股又分为非流通股和限售股。
一、增值税
法人股东转让非上市公司股权不属于增值税征税范围；法人股东转让上市公司股权（股票）应按照金融商品转让税目征收增值税：一般纳税人转让金融商品，税率为6%但不得开具增值税专用发票；小规模纳税人转让金融商品，税率为3%只能开具增值税普票。
关于无偿划转上市公司股票，转出方可以将相关股票的买入价作为卖出价计缴增值税，未来转入方再将上述股票再转让时，以原转出方的卖出价为买入价计缴增值税。金融商品转让是按差额征税的，无偿转让时转出方的增值税负一般为零。
税法依据：《关于明确无偿转让股票等增值税政策的公告》（财政部税务zongju公告2020年第40号）“一、纳税人无偿转让股票时，转出方以该股票的买入价为卖出价，按照“金融商品转让”计算缴纳增值税；在转入方将上述股票再转让时，以原转出方的卖出价为买入价，按照“金融商品转让”计算缴纳增值税。”
二、企业所得税
关于企业所得税，流通股没有什么可讲的，主要是非流通股的处理。
非流通股主要看是否满足特殊性税务处理，涉及主要的法规依据有：《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）、《关于发布
关于企业所得税特殊性税务处理，一般发生在企业并购重组过程中的资产收购、股权收购、合并、分立、资产划转等，是一种不改变重组前后资产（股权）、负债计税基础的方法，可以减轻税负，需要符合一定的条件。需要注意的是，特殊性税务处理不是免税，而是递延纳税，原则上只要不处置相关股权，就不需要缴纳。关于股权收购的特殊性税务处理相关条件如下表所示：
法人股东非流通股正常转让是不能免税的。但有一定的筹划方式：
（1）法人股东先进行分配再转让股权
在转让股权之前，法人股东可以先将目标公司的留存收益全部分配（即以股票股利分配形式转增股本），此过程无需缴纳企业所得税，但可以增加该法人股东长投的计税基础，经过上述操作后再转让股权，可以降低税负。
政策依据：《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定，“企业的下列收入为免税收入：（二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益”。
案例分析：A持有B公司股权，B公司实收资本2000万，留存收益1000万，F公司拟以5000万元收购B公司股权。若先对留存收益进行分配，那么A公司的股权转让所得=5000-2000=3000万元；若先将留存收益以股票股利形式分配给A公司，B公司的实收资本从2000变成了3000万，对应A公司的长投也增加为3000万，A公司的股权转让所得=5000-3000=2000万，有效降低了股权转让所得。
（2）法人股东可以先减资再转让股权
《国家税务zongju关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务zongju公告2011年第34号）规定，“五、投资企业撤回或减少投资的税务处理投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得”。
转让方减资收回投资中，相当于初始出资、盈余公积和未分配利润的部分都无需缴纳企业所得税。但此方案的缺点是公司法对于减资有严格要求，程序比较繁复。
（3）利用股权过户时间延迟缴纳企业所得税
《国家税务zongju关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）第三条规定，“企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额”。
转让方完成股权变更手续才确认收入实现，对于分期支付股权转让价款的情况，可以约定付清大部分价款后再办理股权变更手续，以实现延迟缴纳所得税。
需要注意的是：对于有限责任公司来讲，是去工商局办理股权转让登记手续的；对于非上市股份有限公司来讲，股权转让不一定在工商变更，而是变更股东花名册即可，不以在工商变更完成为标志。
（4）在税收洼地注册持股平台
为了招商引资，发展中西部地区的经济，国家及地方层面都出台了一系列的区域性税收优惠政策，多数经济开发区都出台了财政返还政策。企业提前搭建持股平台，将持股平台注册至具有区域性税收优惠政策的地点，转让持股平台的股权或份额以实现对目标公司股权的转让，可以有效降低税负。
注意：企业所得税法并不是只适用于企业组织，还适用于其他组织，如事业单位、工会组织、集体经济组织等，如工会组织代员工持股转让，是需要缴纳企业所得税的，还需要缴纳个人所得税，整体税负在40%以上。个人独资企业和合伙企业，不属于企业所得税法范畴，个人独资企业等同于自然人，而合伙企业是先分后税，直接可以穿透的。只要适用企业所得税法，就适用特殊性税务处理。大部分涉税事项不需要审批，少数需要备案。特殊性税务处理需要去税务机关备案，并且相关资产、股权等都需要评估。资产交易价格并不等同于计税基础，如果明显偏低税务机关会重新核定。
四、印花税
在股权转让业务中，印花税按“产权转让书据” 税目，转让方与受让方都需要缴纳。
五、土地增值税
原本股权转让与土地增值税不搭界的，但现实中为了规避土地增值税，往往会存在此种操作，即先成立全资子公司，再将房产、土地注入，转让全资子公司股权给购买方，这样起到了规避土地增值税的目的。法人股权转让的过程中，如果不动产价值占公司净资产的比例较大（一般认为超过50%），税务机关可能会据此认定股权转让行为的实质为转让不动产，并征收土地增值税。
主要依据：《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）、《关于土地增值税相关政策问题的批复》（国税函2009387号文）、《关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》（国税函[2011]415号）。目前，广西（上述前面两个文就是批复给广西税局的）、贵州、湖南、辽宁、天津等地出现这种情况是肯定执行上述政策的，北上广深等地不执行。
例如：A公司主要资产是房产、土地（50%以上），其股东M公司转让A公司股权给H公司，可能会被视同转让房产、土地征收土地增值税，这个土地增值税，不是其原股东承担，而是由A公司承担。如果当地执行该政策，收购方H公司要充分考虑，一般的规避做法是：H公司先对A公司增资或原股东减资，A公司剩下股份多次转让给H公司。
六、注意区分会计收入和税务收入
案例：某高新企业M，年实现销售收入1.5亿元，会计利润5-6千万，企业所得税率为15%，持有E公司8%的股份，20X1年，M公司转让E公司的股权，取得投资收益1.65亿元，在税务稽查时，被税局认定不符合高新技术企业的标准，应按25%的税率差额补交相关企业所得税。
此案例就是因为M公司没有注意区分会计口径的收入和税务口径的收入，税务口径的收入是指所有收入，不单单是指营业收入，而高新企业的核定标准是税务口径，这样M企业当年的高新技术收入占比=1.5/（1.5+1.65）=47.6%<60%，不满足高新技术收入必须占总收入60%的标准，在20X1年就不能被认定为高新技术企业，需要补交大量的企业所得税。其实很容易规避的，M公司可以设置全资子公司H，将E公司8%股票无偿划转给H公司，H公司在此过程中增值税和企业所得税可以不交的，H公司再对外转让即可。这样，1.6亿的投资收益只会体现在合并报表上，对M公司的税收是没有影响的。