在企业重组实践中，采用特殊性税务处理越来越多，如果不采用特殊性税务处理似乎显得水平不够高，特别是很多高管、财务总监已经形成固定思维，即重组一定要采用特殊性税务处理。但特殊性税务处理，收购方按照原计税基础确认资产、股权价值，未来成本扣除偏离公允价值，其可能获利也可能损失。同时在被收购方存在大额未弥补亏损的情况下，特殊性税务处理可能也不是Zui优选择。
五山公司拟通过发行股份的方式收购北岳公司持有恒山公司的股权和东岳公司持有泰山公司的股权。北岳公司持有恒山公司股权的计税基础为2000万元，恒山公司公允价值1800万元，协议价格1800万元；东岳公司持有泰山公司股权的计税基础为2000万元，泰山公司公允价值2300万元，协议价格2300万元。
两年后，北岳公司和东岳公司将持有五山公司的股权转让，转让价格分别为2100万元和2700万元；五山公司将恒山公司、泰山公司的股权转让，转让价格分别为2200万元和2800万元。
一般性税务处理
1.被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。
北岳公司分别确认两次股权转让所得为-200万元和300万元；东岳公司分别确认两次股权转让所得为300万元和400万元、五山公司转让恒山和泰山公司股权所得分别为400万元和500万元。
2.收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
北岳公司取得五山公司股权的计税基础为1800万元；东岳公司取得五山公司股权的计税基础为2300万元；五山公司取得恒山公司和泰山公司股权的计税基础为1800万元和2300万元。
3.被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
采用一般性税务处理，需确认股权转让所得或损失，取得股权的计税基础均按照公允价值计量，该方式能够公允反映交易对价。案例中，北岳公司由于投资亏损，转让恒山公司不需要缴纳企业所得税。但是东岳公司转让泰山公司股权，产生股权转让所得300万元，由于支付方式是股份支付，并未取得实际的现金流入，东岳公司短期内面临交税的资金压力。
特殊性税务处理
东岳公司于是要求采用特殊性税务处理，这样就不需确认股权收购环节的所得，从而达到“不交税”的效果。股权收购中的特殊性税务处理是什么？
股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的50%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，可以选择按以下规定处理：
1.被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
2.收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
3.收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
收购泰山公司采用特殊性税务处理税费测算
如果采用特殊性税务处理，东岳公司取得五山公司股权的计税基础和五山公司取得泰山公司股权的计税基础，均按照泰山公司原计税基础确认，也就是2000万元。东岳公司该环节未产生所得，也就不交税。两年后转让持有五山公司的股权时，股权转让所得为2700-2000=700万元。东岳公司采用一般性税务处理和特殊性税务处理，两次股权转让累计所得均是700万元，但特殊性税务处理可以将交税时间延后到股权再次转让时，起到了递延纳税的效果。
但是，五山公司付出的股权成本是2300万元，由于采用特殊性税务处理，只能按照2000万元确认，并且以后再转让股权也没法把“丢失”300元成本还回来，可见特殊性税务处理对收购方并不是完全有利。
既然按照被收购股权原计税基础确认，五山公司要求收购恒山公司采用特殊性税务处理。
收购恒山公司采用特殊性税务处理税费测算
北岳公司取得五山公司股权的计税基础和五山公司取得恒山公司股权的计税基础，均按照恒山公司原计税基础确认，也就是2000万元确认。两年后转让持有五山公司股权时，股权转让所得为2100-2000=100万元。北岳公司采用一般性税务处理和特殊性税务处理，两次股权转让累计所得均是100万元。但是特殊性税务处理对其不利的是，由于未能及时确认投资亏损，在企业盈利的情况下，相当于提前交了企业所得税。
五山公司就完全不一样了，付出的股权成本是1800万元，但可以按照2000万元作为计税基础，以后再次转让股权时同样按照2000万元扣除，起到了的作用。
总 结
股权收购中的特殊性税务处理，转让方取得新股权的计税基础按照转让股权的原计税基础确认，转让方暂不确认所得，具有递延纳税的效果。收购方取得转让股权的计税基础按照原计税基础确认，如果收购方支付成本大于计税基础，收购方将吃亏，如果支付成本小于计税基础，收购方将获利。同样需引起注意的是，如果转让方存在大额未弥补亏损，采用一般性税务处理确认股权转让所得可能对其更有利。
企业重组中的股权收购，特殊性税务处理不一定是Zui合适的，交易双方应当综合考虑利益相关方实际经营能力、未弥补亏损、税收优惠等情况，选择Zui合适的税务处理方式。