一、增值税纳税申报的衔接。小规模纳税人可以根据自己的实际经营情况选择按月或按季纳税。一旦选择了纳税期限，一个会计年度内不得变更。但对一般纳税人不能选择按季申报，一般是按月申报。在小规模纳税人转为一般纳税人，比如按季纳税的小规模纳税人从2019年3月1日起成为了一般纳税人，那么纳税人需要在4月份征期内办理两项申报业务：一是办理3月税款所属期的一般纳税人申报；二是办理1-2月税款所属期的小规模纳税人申报，小规模纳税人申报可以按季度销售额不超过30万元的标准来确定是否享受免税政策。对于纳税人在季度中间由一般纳税人转登记为小规模纳税人，或由小规模纳税人登记为一般纳税人、小规模纳税人纳税期限核定为按季的，纳税人对应属期申报销售额均统一以季度销售额30万元的标准来判断是否享受小规模纳税人免征增值税政策。
二、转为一般纳税人后，对小规模纳税人期间的查补收入增值税的征收。根据《增值税一般纳税人登记管理办法》（国家税务zongju令43号）第二条规定，增值税纳税人年应税销售额超过财政部、国家税务zongju规定的小规模纳税人标准的，除本办法第四条规定外，应当向主管税务机关办理一般纳税人登记。年应税销售额，是指纳税人在连续不超过12个月或四个季度的经营期内累计应征增值税销售额，包括纳税申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额。《国家税务zongju关于明确《增值税一般纳税人资格认定管理办法》若干条款处理意见的通知》（国税函〔2010〕139号）规定：稽查查补销售额和纳税评估调整销售额计入查补税款申报当月的销售额，不计入税款所属期销售额。以及《国家税务zongju关于界定超标准小规模纳税人偷税数额的批复》（税总函〔2015〕311号）明确：稽查查补销售额和纳税评估调整销售额计入查补税款申报当月的销售额，以界定增值税小规模纳税人年应税销售额。
根据上述文件规定可知，小规模纳税人因为税务检查等原因，需要补申报查补销售额、补缴税金，还原回查补收入发生的当月申报，只是为了还原业务本质，正常计算增值税并加收滞纳金。其申报的销售额，是计入查补税款申报当月的销售额，而不是计入税款所属期销售额。在转为一般纳税人之前，无论税务机关是通过实施税务检查，开展纳税评估，还是纳税人自查补税，发现小规模纳税人隐瞒销售收入或漏报销售收入的，即便出现连续12个月的收入超过500万，其在小规模纳税人期间取得的收入，均按该小规模纳税人1%征收率计算补缴增值税。不存在纳税人因为补报查补销售额过程中，出现连续12个月的收入超过小规模纳税人收入标准后，其后的收入要按照一般纳税人标准进行增值税征缴的问题。
三、“六税两费”优惠政策的衔接。根据《财政部税务zongju关于支持小微企业和个体工商户发展有关税费政策的公告》(财政部税务zongju公告2023年第12号)规定，对于新登记为增值税一般纳税人的新设企业，由于还没有应纳税所得额的数据，只要是从事国家非限制和禁止行业，且符合申报期上月末从业人数不超过300人、资产总额不超过5000万元两项条件的，在办理首次汇算清缴申报前，就可以按照小型微利企业申报享受“六税两费”减免优惠。首次汇算清缴后，不符合“小型微利”企业条件，对已享受的“六税两费”是否退还呢？
《国家税务zongju关于实施小微企业“六税两费”减免政策有关征管问题的公告》（国家税务zongju公告2022年第3号）规定，按规定办理首次汇算清缴后确定不属于小型微利企业的一般纳税人，自办理汇算清缴的次月1日至次年6月30日，不得再申报享受“六税两费”减免优惠；按次申报的，自首次办理汇算清缴确定不属于小型微利企业之日起至次年6月30日，不得再申报享受“六税两费”减免优惠。新设立企业按规定办理首次汇算清缴后，按规定申报当月及之前的“六税两费”的，依据首次汇算清缴结果确定是否可申报享受减免优惠。新设立企业按规定办理首次汇算清缴申报前，已按规定申报缴纳“六税两费”的，不再根据首次汇算清缴结果进行更正。首次汇算清缴后，不符合小型微利企业条件，对之前已享受的“六税两费”优惠不需要退还，只是在汇算清缴后至次年的6月30日前不再享受“六税两费”优惠。
举例：A公司于2023年8月转为增值税一般纳税人，在办理首次汇算清缴申报前，除应纳税所得额无法确定外，其他均满足条件，可以享受“六税两费”优惠。A公司2024年5月年度企业所得税申报，A公司2023年年应纳税所得额已超过了300万元，相应在自首次办理汇算清缴确定不属于小型微利企业之日起至2025年6月30日前不能享受“六税两费”优惠。如果2025年5月年度汇算清缴，A公司2024年又符合小型微利企业条件，则可自办理汇算清缴当年即2025年7月1日至2026年6月30日申报享受“六税两费”减免优惠。
四、转为一般纳税人后，对小规模纳税人期间取得的专票能不能抵扣。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十一条规定，小规模纳税人发生应税销售行为，实行按照销售额和征收率计算应纳税额的简易办法，并不得抵扣进项税额。也就是说，一般情况下，小规模纳税人期间，取得增值税专用发票等抵扣凭证，也不得用来抵扣增值税——无论小规模纳税人期间，还是转为一般纳税人之后。一般情况下，小规模纳税人登记为一般纳税人后，小规模纳税人时期取得的专票不可以抵扣进项税额。但根据《国家税务zongju关于纳税人认定或登记为一般纳税人前进项税额抵扣问题的公告》(国家税务zongju公告2015年第59号)规定，纳税人自办理税务登记至认定或登记为一般纳税人期间，未取得生产经营收入，未按照销售额和征收率简易计算应纳税额申报缴纳增值税的，其在此期间取得的增值税扣税凭证，可以在认定或登记为一般纳税人后抵扣进项税额。
需要注意的是，本政策所称的“未取得生产经营收入，未按照销售额和征收率简易计算应纳税额申报缴纳增值税”，指的是纳税人按照会计制度和税法的规定，真实记录和准确核算的经营结果。纳税人通过隐瞒收入形成的“未取得生产经营收入，未按照销售额和征收率简易计算应纳税额申报缴纳增值税”，则不能适用本政策。
五、转为一般纳税人后，销售或处置小规模纳税人期间取得的资产能否简易计税应区分情况。根据《国家税务zongju关于一般纳税人销售自己使用过的固定资产增值税有关问题的公告》（国家税务zongju公告2012年第1号）等规定，纳税人购进固定资产时为小规模纳税人，认定为一般纳税人后销售该固定资产，可以采用简易计税方法，按照3%的征收率减按2%征收增值税。需要注意的是，这一政策仅适用于固定资产，而不适用于不动产。
对于不动产，根据《国家税务zongju关于公布（国家税务zongju公告2016年第14号）规定，一般纳税人转让2016年5月1日后取得的不动产，应适用一般计税方法，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。一般纳税人转让在小规模纳税人期间购买的不动产，不能采用简易计税方法。在转为一般纳税人后，销售小规模纳税人期间购买的存货、低值易耗品等，并无简易计税政策，也只能一般计税。
六、补开小规模纳税人期间实现销售的发票。小规模纳税人转为一般纳税人，对小规模纳税人期间实现的销售，只要以前没有开的发票，现在补开是可以的，属于延迟开具发票。如果当初没有开票，公司当时是小规模纳税人，而现在是一般纳税人，开的时候必须要还原到以前征收率开具发票。如果以前确认了销售额，就应该申报了增值税，之前做的就是无票申报。之后开具发票属于补充开票，冲减无票收入，就不纳税。如果以前连收入都忘了申报，现在补开发票，不仅要补税，还会产生滞纳金。
