一、从一般纳税人处购进取得增值税专用发票
1. 在购入当期，应遵从农产品抵扣的一般规定，按照9%计算抵扣进项税额。
2. 用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
注意：农产品加计扣除建议分两步走哦，在购入当期，应遵从农产品抵扣的一般规定，按照9%计算抵扣进项税额；未来考虑用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，生产领用时加计1%扣除。
二、从小规模纳税人处购进取得增值税专用发票
1. 用于初加工，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
2. 用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
前文讲到了小规模纳税人3%减按1%政策，那么新政策下，从小规模纳税人处取得的1%税率的农产品进项发票，能否按照9%计算抵扣进项税额呢？
根据财税〔2017〕37号、财税〔2018〕32号、财政部税务zongju海关总署公告2019年第39号规定：
一般纳税人购进农产品，取得小规模纳税人（简易计税；适用3%征收率）开具的专用发票，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
一般纳税人取得小规模销售方开具的1%的专票到底可以不可以抵扣9%的进项税？官方给了明确答复！
1%的专票可以抵9%的进项！
实务中，很多人容易把从小规模纳税人处取得的3%税率的专用发票直接勾选抵扣了，这是大错特错的！
A公司可以抵扣的进项税=80000*9%=7200（元）
如果直接勾选抵扣则少抵扣：7200-800=6400元
三、取得海关进口增值税专用缴款书
增值税一般纳税人取得仅注明一个缴款单位信息的海关缴款书，应当登录本省(区、市)增值税发票选择确认平台(以下简称“选择确认平台”)查询、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款书信息。通过选择确认平台查询到的海关缴款书信息与实际情况不一致或未查询到对应信息的，应当上传海关缴款书信息，经系统稽核比对相符后，纳税人登录选择确认平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款书信息。
增值税一般纳税人取得注明两个缴款单位信息的海关缴款书，应当上传海关缴款书信息，经系统稽核比对相符后，纳税人登录选择确认平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款书信息。
四、取得农产品收购发票或销售发票
1.购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
2. 购进用于生产销售或委托受托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
3.纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
关于农产品进项税额抵扣问题，为方便大家理解、记忆，归纳如下：
【注意：此处金额为不含税】