二、非法人分支机构是否独立核算1.增值税非法人分支机构单独缴纳增值税，如总机构是小规模纳税人，分支机构是一般纳税人，则分支机构需要独立核算的纳税人进行增值税申报纳税。【提醒】申请实行增值税汇总申报纳税管理的纳税人，才会要求总机构和分支机构都必须是增值税一般纳税人，因为增值税一般纳税人和小规模纳税人的征收方式是不一样的。
2.企业所得税根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定：“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。”非法人分支机构按照《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定，指总机构、分支机构应按规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税，或者依据第二十四条规定：“以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，视同独立纳税人的分支机构，其独立纳税人身份一个年度内不得变更。”非法人分支机构视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，都要求独立核算。如果非法人分支机构直接汇总总机构缴纳，不需要就地预缴的话，不考虑特殊情况下，税务机关对是否独立核算没有要求。
3.印花税
根据《国家税务局关于印花税若干具体问题的规定》(（1988）国税地字第25号)规定：“跨地区经营的分支机构使用的营业账簿，应由各分支机构在其所在地缴纳印花税。对上级单位核拨资金的分支机构，其记载资金的账簿按核拨的账面资金数额计税贴花，其他账簿按定额贴花；对上级单位不核拨资金的分支机构，只就其他账簿按定额贴花。为避免对同一资金重复计税贴花，上级单位记载资金的账簿，应按扣除拨给下属机构资金数额后的其余部分计税贴花。”根据上述规定非法人分支机构进行相关税务登记，就应该在其所在地缴纳印花税。4.其他税种
关注其他税种纳税地点的规定。
