承担的责任不同：个体工商户对债务承担无限责任；公司对债务承担有限责任。
个体户和公司从本质上来说都是在做生意，只是一个规模小，一个规模大而已。都是做生意，但双方缴纳的税务区别却是比较大。
个体户和公司在纳税上的区别只是所得税方面，个体户缴纳个人所得税，公司缴纳企业所得税，其他方面都一样的，个体户也可以查帐征收，公司也可以核定征收，公司可以申请一般纳税人，个体户也可以申请一般纳税人。
个体工商户申请的是营业执照，公司申请的是企业法人营业执照，在缴纳工商管理费、注册登记费上，注册成公司的手续相对比较复杂，要验资什么的，费用也多。
在经营方式上，注册成公司可以请会计做账，注册成个体户也可以请会计做账，关键是看经营者是否这么做的问题，并不是说注册成公司一定有会计什么的，经营者不设立那也没有问题。
主体公司可以与名下个体工商户进行交易吗？
个体工商户与自己的主体公司进行交易，个体工商户就需要给主体公司开具发票，主体公司凭个体工商户开具的发票做税前扣除，在这一交易环节中，相当于主体公司将部分利润转移给了个体工商户，在税务局的底层逻辑上来看，主体公司有转移利润的嫌疑。就有涉及偷逃企业所得税的风险。
个体工商户和主体工商之间一般来说，少量金额的相互业务往来，问题不大，若涉及到交易频繁，金额较大的情况下，容易被税务部门税务稽查。
