水利工程是一项投资巨大的工程项目，雄厚的资金是工程能够顺利建设完工的保障。如何科学、合理、有效的控制和节约成本，避免在设计中出现不必要的建设项目，避免二次建设造成浪费等，都是考验一个施工团队的组织协调能力和建造管理水平的重要因素。当前我国尤其是农村水利工程还没有形成统一的标准，各村、乡的水利工程往往各自为“建”，不能进行有效的衔接，这也是造成农村水利工程成本相对较高的一个重要因素。
2解决水利工程管理中存在问题的对策
2.1加强工程质量管理措施
要正确树立相关人员质量的工作意识，从采购、施工到后期检测，各部门严把质量关，真正实现工程一体化生产。工程的施工设计要与生态环境保护统一考虑，在保障水利工程的实用性的要避免对生态系统的过度破坏。
2加强工程安全管理措施
水利工程的安全问题不仅是指工程项目的使用安全，提高水利工程的使用寿命，节约社会资源，还包括在施工和维护的过程中，还应注重保障施工人员的人身安全。各方面应努力提高施工环境的安全度，优化施工方案，减少那些对于安全不利的因素，并且在施工的时候，要按照施工标准进行严格执行。
3合理控制工程成本措施
资金是一切工程能够顺利进行的必要条件，项目初立，资金应该是先要考虑的问题。统筹规划项目设计方案、合理利用资金、还应考虑自然环境对工程的影响。合理利用山势、地形、水流、早期工程等条件，可以大大节省资金和成本，避免浪费。 
聚乙烯闭孔泡沫板是国内一种新型的接缝止水材料，经中国交通部科学院等单位反复测试证明，其性能与木材、软木、橡胶、沥青相比，闭孔泡沫塑料板在国外已广泛应用于公路、道桥胀缝、立交桥、高速公路、机场跑路、地道桥、地下通道、地铁、桥头挡阻墙接缝、公路两侧护坡，路基护坡等混凝土工程中的接缝及止水材料，电厂防潮闸、冷却塔、建筑等工程中混凝土接缝、胀缝及止水材料混凝土公路、高架桥梁、涵洞遂道、机场路道、堤坝护坡等水利电力混凝土工程中,也可用作大管径管道的弹性垫层以及渠道的防冻垫。
重要的环节便是施工环节，必须要采取有效措施完善施工环节，对其进行全面的控制工作。要对施工人员进行法律教育工作，提升法律意识。并且要设置完善水利水电施工管理体系，能够在事前事中以及事后环节进行全面有效的控制工作，要保证管理体系得到有效的落实。在施工过程中必须要加强对人，材料以及设备环境等方面的有效管理，以此来降低施工的影响因素，不断提升施工的质量。在施工中要严格按照图纸进行施工，必须要完善隐蔽环节的施工工作，保证隐蔽环节的施工质量。施工中对材料进行严格管理，质量必须达标，不能出现偷工减料的现象。