对于公司注销股东不配合的，公司可以通过联合持股比例达到三分之二以上的股东人员召开股东会议进行投票表决同意注销公司，也可以通过持有公司全部股权及表决权百分之十以上的股东向法院提出申请，请求法院解散公司，公司解散的，应当依法办理公司注销登记。
法律依据
《中华人民共和国公司法》第一百零三条
股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。公司持有的本公司股份没有表决权。
股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
两个股东的公司如何注销
要注意，公司注销必须全体股东签字，2/3以上股权表决权通过注销决议。如果是两人股东的有限公司，且各占50%股权，那注销公司必须全体股东同意。
注销公司可以按照系列程序进行：
一、成立清算组。
二、展开清算工作。清算组自成立之日起接管公司，开展以下业务：
接管公司财产、了结公司未了业务、收取债权、清理债务、分配剩馀财产、注销公司法人资格并吊销营业执照。
