有以下几点区别：
1、发票领购使用的主体不同
增值税专用发票由增值税一般纳税人和纳入增值税小规模纳税人自开增值税专用发票试点的小规模纳税人领购使用。已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体工商户）以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人，发生增值税应税行为，可以申请代开增值税专用发票。
普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票。
2、税款是否允许抵扣
增值税专用发票不仅是购销双方收付款的凭证，可作为一般纳税人购买方增值税进项税额的抵扣凭证。
除税法规定的特殊情况外，增值税普通发票不能用于税款抵扣。
3、发票提供的开票信息不同
增值税纳税人购买货物、劳务、服务、无形资产或不动产，索取增值税专用发票时，须向销售方提供购方名称（不得为自然人）、纳税人识别号或统一社会信用代码、地址电话、开户行及账号。
购买方为企业的，索取增值税普通发票时，应向销售方提供纳税人识别号或统一社会信用代码；销售方为其开具增值税普通发票时，应在“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的纳税人识别号或统一社会信用代码。
4、抵扣时间不同
增值税专用发票是认证期限为365天，增值税普通发票因为不可以抵扣无限制。此条可能有地方政策差异，按当地管理办法实行。
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