案例:A公司系制造业增值税一般纳税人，2023年4月至12月取得注明员工身份信息的航空铁路等票据，应抵扣旅客运输服务进项税额0.86万元，该公司每月申报时将该部分进项税额仅填写在《增值税及附加税费申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细)的第10栏“(四)本期用于抵扣的旅客运输服务扣税凭证”中。主管税务局风险应对中发现此问题，A公司共被调整增加进项税额0.86万元，并予以退税，
解析:在纳税申报时，财务人员对旅客运输服务的进项税额理解不准确，未能正确填列增值税申报表，导致应抵扣的进项税额未被抵扣，公司因此多缴了增值税。根据《增值税及附加税费申报表(一般纳税人适用))及其附列资料填写说明》规定，购进旅客运输服务取得的增值税专用发票应填入《增值税及附加税费申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细)的第1栏“(一)认证相符的增值税专用发票取得的其他扣税凭证应填入《增值税及附加税费申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细)的第4栏“(二)其他扣税凭证”，才能真正实现抵扣。因为该表第12栏“当期申报抵扣进项税额合计”=第1栏+第4栏+第11栏，而作为旅客运输服务进项税额单项列示的第 10栏并未纳人计算，仅起了单项列明的作用。
风险防范建议:增值税政策规定的调整结果，Zui终体现在《增值税及附加税费申报表(一般纳税人适用)》及其附列资料中，建议企业在认真学习增值税政策的同时，加强对增值税申报表填报口径的学习，确保准确填列申报表。 
二、选择简易计税不符合规定条件
案例:B公司系增值税一般纳税人，销售自产的商品混凝土选择简易办法计税。当订单任务繁忙时该公司外购商品混凝土直接对外销售，并与自产商品混凝土一并开具发票进行结算，均按照简易计税方法申报纳税。主管税务局风险应对中发现此问题，2023年9月B公司共被调整补缴增值税及附加28.3万元并按规定加收滞纳金。
解析:根据《财政部国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》(财税〔2009〕9号)规定，一般纳税人销售自产的商品混凝土(于以水泥为原料生产的水泥混凝土)可选择按照简易办法计算缴纳增值税。而B公司对销售外购的商品混凝土与自产的商品混凝土，一并按简易办法计税，造成少缴增值税，
风险防范建议:增值税一般纳税人的计税方法以一般计税方法为原则，简易计税方法为例外。只有税收文件明确规定可以适用简易计税的项目，企业才能选择简易计税方法。同时，各项简易计税项目都设有明确的适用条件，不能超出规定的范围。在简易计税项目中，目前明确允许采用简易计税方法的直接购销行为有五类，具体包括:药品经营企业销售生物制品兽用药品经营企业销售兽用生物制品、寄售商店代销寄售物品(包含居民个人寄售的物品在内)、典当业销售死当物品、销售旧货。
三、农产品核定扣除办法执行不准确，重复抵扣进项税额
案例:C公司系增值税一般纳税人，其主要业务是购进毛茶，加工生产销售精制茶。该公司执行农产品进项税额核定扣除政策。2021年C公司购进毛茶既取得增值税普通发票又取得增值税专用发票。C公司对当年取得的增值税专用发票全部勾选确认(含购进毛茶取得的增值税专用发票)。主管税务局风险应对中发现此问题，C公司共被调整补缴增值税及附加37.5万元，并按规定加收滞纳金。
解析:根据《财政部国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》(财税〔2012〕38号)规定，试点纳税人购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，其以购进农产品为原料生产货物的，农产品增值税进项税额可按照投人产出法、成本法、参照法计算核定C公司采用核定扣除方法计算当期允许抵扣的农产品增值税进项税额，不应凭增值税专用发票重复抵扣进项税额。
风险防范建议:目前国家对农产品抵扣政策实行的是“两条腿”走路，一个是凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额(简称凭票抵扣)，另一个是试行核定扣除。同一个制造业纳税主体，对于所有取得的初级农产品，要么凭票抵扣，要么试行核定扣除，不能选择部分农产品实行核定扣除，其余又凭票抵扣。需注意的是，当企业购进初级农产品并取得增值税专用发票时，由于日常习惯中倾向于勾选专票进行抵扣极易发生一并勾选抵扣的错误。为有效防范此风险建议企业加强对农产品税收政策的学习和理解，避免重复抵扣进项税额。
四、用于集体福利或个人消费项目的进项税额从销项税额抵扣
案例:D公司系制造业增值税一般纳税人，将异地来本地任职的公司高管统一安排在公司附近的酒店住宿。对于这些住宿费，公司定期取得增值税专用发票并入差旅费核算，同时勾选抵扣了增值税进项税额。主管税务局风险应对中发现此问题，2023年8月D公司共被调整补缴增值税及附加11.4万元，并按规定加收滞纳金。
解析:D公司发生的从异地来任职的公司高管本地酒店住宿费用，实质属于集体福利的范畴，会计方面应按职工薪酬(非货币性福利)核算;增值税方面，该部分费用即使取得增值税专用发票也不得抵扣，因为根据增值税暂行条例第十条第一项规定用于集体福利或者个人消费的进项税额不得用于抵扣销项税额。
风险防范建议:制造业企业日常经营中，会发生许多具有明显集体福利或个人消费特征的支出，比如，取得个人出租住房1.5%征收率的增值税专用发票，取得酒店住宿增值税专用发票，购进烟、酒、保健品取得增值税专用发票(非购销用途)等，对这类支出所对应的进项税额不得从销项税额中抵扣，已经抵扣的，要作进项税额转出处理。
五、简易计税项目与一般计税项目共用的进项税额未转出
案例:E公司系制造业增值税一般纳税人，兼营简易计税项目。2020年公司上市辅导费用属于公司共同费用，所含的进项税额全部勾选抵扣，未按规定作进项税额转出。主管税务局风险应对中发现此问题，2020年E公司共被调整补缴增值税及附加184.4万元，并按规定加收滞纳金。
解析:E公司发生除固定资产、无形资产、不动产之外的购进项目，既用于一般计税方法计税项目(以下简称一般计税项目)，又用于简易计税方法计税项目(以下简称简易计税项目)，根据《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第十九条规定，应按同一属期简易计税销售额占全部销售额的占比计算出应转出的进项税额。
风险防范建议:一般计税项目和简易计税项目共同耗用的支出，常见的有公司审计费、代理费、总部水电费等，此类支出通常无法直接转出进项税额，应按规定的公式计算不得抵扣的进项税额。
六、登记为一般纳税人之前购进项目的进项发票用于抵扣税款
案例:F制造业公司开办初期购买设备部分取得增值税专用发票，开办当年已发生零星销售业务。次年，F公司登记为一般纳税人，在申报纳税时，将取得时间为一般纳税人之前的增值税专用发票进项税额直接勾选抵扣。主管税务局风险应对中发现此问题，F公司共被调整补缴增值税及附加4.6万元，并按规定加收滞纳金。
解析:根据《国家税务总局关于纳税人认定或登记为一般纳税人前进项税额抵扣问题的公告》(国家税务总局公告2015年第59号)第一条规定，纳税人自办理税务登记至认定或登记为一般纳税人期间，未取得生产经营收入，未按照销售额和征收率简易计算应纳税额申报缴纳增值税的，其在此期间取得的增值税扣税凭证，可以在认定或登记为一般纳税人后抵扣进项税额。而F公司在开办第一年已经取得了销售收入，其在此期间购进项目的进项税额就不能抵扣。
风险防范建议:根据《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》(国家税务总局公告2019年第45号)规定，虽然对增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票等税控扣税凭证取消认证申报抵扣的期限，但是对同一个纳税人在登记为般纳税人之前取得的增值税专用发票等，仍然有严格的前置条件，即在小规模纳税人期间，未取得生产经营收入，未按照销售额和征收率简易计算纳税对此，建议未在开业时点登记为一般纳税人的企业在开办初期要做好风险防范，要么控制好受票时间，要么在登记为一般纳税人之后开始销售，避免发生不必要的损失。
七、取得符合征税条件的财政补贴收入未申报缴纳增值税
案例:G公司系制造业增值税一般纳税人，对从政 府 部门取得的与其销售产品数量挂钩的财政补贴收入，一直归入其他收益核算，同时按不征税收入申报处理。主管税务局风险应对中发现此问题，G公司2020-2021年共被调整补缴增值税及附加31.5万元并按规定加收滞纳金。
解析:G公司对财政补贴收入的处理，不符合国家税务总局公告 2019 年第 45号第七条的规定，即纳税人取得的财政补贴收入，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。
风险防范建议:有关财政补贴的增值税处理，从2020年起政策执行口径作了调整，企业要准确划分补贴收入的类型，对于取得与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收人或者数量直接挂钩的补贴收入，应按规定计算缴纳增值税。
八、发生视同销售行为未申报缴纳增值税
案例:H制造业公司系增值税一般纳税人，2020年7月将自产商品作为职工福利发放，未按规定计人视同销售收入申报纳税。主管税务局风险应对中发现此问题，H公司2020年7月共被调整补缴增值税及附加1.3万元，并按规定加收滞纳金。
解析:公司对以自产商品发放职工福利的处理应按照增值税暂行条例实施细则第四条规定，单位或者个体工商户将自产、委托加工的货物用于集体福利或者个人消费应视同销售。
风险防范建议:有关视同销售的增值税处理，增值税暂行条例实施细则第四条和《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第十四条进行了明确，企业应按规定确认增值税应税收入。
九、取得未按规定填写发票备注栏的增值税专用发票，违规抵扣进项税额
案例:I公司系制造业增值税一般纳税人，2021年取得12份未在发票备注栏注明相关货物运输信息的增值税专用发票，这些增值税专用发票所含的进项税额全部勾选抵扣。主管税务局风险应对中发现此问题，对其中无法红冲重新开具的部分调整补缴增值税及附加12.1万元，并按规定加收滞纳金
解析:根据《国家税务总局关于停止使用货物运输业增值税专用发票有关问题的公告》(国家税务总局公告 2015 年第99号)第一条规定，增值税一般纳税人提供货物运输服务，使用增值税专用发票和增值税普通发票，开具发票时应将起运地、到达地、车种车号以及运输货物信息等内容填写在发票备注栏中如内容较多可另附清单。根据增值税暂行条例第九条规定，纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。因此，取得未按规定开具的增值税专用发票，进项税额不能抵扣。
风险防范建议:国家出于税务管理和规范经济秩序的需要，对部分交易类别规范了有关填写发票备注栏的要求，制造业企业作为受票方，取得发票时要加强审核，及时将问题发票退回重开。常见的应填写备注栏的事项如下表所示:
十、无法提交证明交易真实发生的资料及凭据，失去按善意取得处理的机会
案例:J公司从一家外地供应商购进了一批皮革，并按照合同约定通过银行转账支付货款共计20.8万元(含税)，同时取得1份增值税专用发票。然而，税务机关随后收到了异地协查的《已证实虚开通知单》，确认上述发票属于虚开。J公司因此被税务机关立案调查。尽管J公司向税务机关主张其属于善意取得，但由于证明交易真实性的资料及凭据全在业务员手中，而该业务员已在半年前辞职并失联，J公司无法提交相关资料及凭据，从而错失了按善意取得虚开增值税专用发票处理的机会，Zui终，J公司被税务机关要求补缴税款2.39万元并按规定加收滞纳金，同时处以补缴税款0.5倍的罚款。
解析:根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》(国税发〔2000〕187号)规定，认定善意取得的前提是购货方与销售方存在真实的交易。而交易的真实性需要通过交易合同、物流、付款凭证等证据资料加以佐证。这些资料对于交易双方来说至关重要，应当妥善保存。否则，一旦面临本案类似情况，企业可能会因为无法提供足够的证据而失去按善意取得处理的机会,从而承担滞纳金和罚款等不必要的损失，
风险防范建议:企业发生购进业务时，务必保存能够证明业务真实性的关键证据。这些证据包括但不限于对方的营业执照副本及法定代表人身份证号码(以确保合作方的合法身份)、相关业务活动的正式合同或协议(作为双方权利和义务的明确依据)、非现金方式支付的付款凭证(如银行转账记录或电子支付截图，以证明资金流动的合法性)、货物运输的完整证明资料(如运单、签收单等，确保货物流转的透明性)，以及货物入库、出库的内部凭证(反映企业库存管理的规范性)。通过保存这些关键证据企业可以在面临类似情况时提供有力的证明，维护自身合法权益。