公司由于自身经营等各种原因终止经营需要注销的，在注销清算过程中缴纳完企业所得税后，如有剩余财产需要分配给股东，公司股东为自然人的情况下，如何缴纳个人所得税呢？
有人认为，个人股东取得的剩余财产应根据《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）第五条的规定计算缴纳个人所得税，即被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
举个例子，A公司有甲、乙两个自然人股东，公司成立时分别出资60万元和40万元，公司实收资本100万元。
经过一段时间的经营，公司净资产达到500万元，期间一直未分配利润，乙将其持有的A公司40%的股权以公允价值转让给甲，取得股权转让价款500*40%=200万元，在转让过程乙缴纳个人所得税32万元[（200-40）*20%。
注：此处忽略转让过程中的相关税费]。
甲购买乙的股权后，投资成本为260万元（60+200）。后续甲也不准备经营A公司了，将A公司注销，假设A公司清算缴纳完企业所得税后，货币资金为500万元，实收资本100万元，盈余公积和未分配利润400万元。如果按照财税[2009]60号第五条的顺序，甲取得剩余财产500万元，确认为股息所得400万元，缴纳个人所得税80万元，剩余资产减除股息所得后的余额100万元低于投资成本260万元的部分为投资损失160万元。这样就造成甲重复缴纳了32万元的个人所得税。
我们来分析一下：
首先，财税[2009]60号文件规范的是企业所得税的处理，之所以这样规定，是因为在《企业所得税法》中，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益免征企业所得税。
其次，《国家税务总局关于印发<中华人民共和国企业清算所得税申报表>的通知》（国税函[2009]388号）对于附表三《剩余财产计算和分配明细表》的填报说明规定，第13－17行“其中确认为股息金额”列：填报清算企业的各股东从清算企业剩余财产分得财产中，相当于累计未分配利润和累计盈余公积按照其持有清算企业权益性投资比例计算确认的部分。清算企业的非企业所得税纳税人股东不填此列。
因此，公司注销，个人股东取得剩余财产不能按照财税[2009]60号文件的顺序计算个人所得税。
那如何计算呢？
根据国家税务总局发布的《关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第41号）第一条规定，个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。
纳税所得额的计算公式如下：
应纳税所得额=
个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数—原实际出资额（投入额）及相关税费
根据国家税务总局公告2011年第41号的规定，上面案例中A公司注销，甲个人股东应缴纳的个人所得税为48万元[（500-260）*20%]。