结构确证研究就是采用物理和化学方法对所制得的化合物进行结构分析，根据取得的数据和结构信息推论或验证化合物的结构，是药物研发的基础，无论是新药还是仿制药都必须先明确其结构，凡合成、半合成药物，天然物中提取的单体，以及药物组分中的主要组分，均应确证其化学结构（包括构型）。
根据化合物(药物)的结构特征制订科学、合理、可行的研究方案，制备符合结构确证研究要求的样品，进行有关的研究，对研究结果进行综合分析，确证测试品的结构。该过程主要包括化合物的名称，样品的制备，理化常数的研究，样品的测试及综合解析等。
结构研究一般应进行红外、紫外、核磁共振(碳谱、氢谱，必要时进行二维相关谱)和质谱等研究，确证该中间体的结构；常用的分析测试方法有紫外可见吸收光谱(简称紫外光谱UV)、红外吸收光谱(简称红外光谱IR)、核磁共振谱(NMR)、质谱(MS)、比旋度(［α］D)、X-射线单晶衍射(简称单晶X-衍射XRSD)或/和X-射线粉末衍射(简称粉末X-衍射XRPD)、差示扫描量热法(DSC)、热重(TG)等。
结构确证能够在药物开发初期或是筛选研究过程中，明晰化合物的结构特征，为确定稳定性考察的质量检测指标提供依据。鉴于药物结构千差万别复杂性和特殊性，制备(获得)方法也各不相同，应根据药物的自身结构特征和制备(获得)方法制订出合理、可行的结构确证方案，有效地进行药物的结构研究。
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