欧盟CE认证的包装指令是2005/20/EC，主要目的是为了使包装材料在使用过后，被消费者任意地丢弃，进而至环境土壤中，其中所含的危害物质将会直接对环境造成危害。从这一点来看，医用包装材料也是属于包装材料，宽泛意义上讲，医用包装材料CE认证也是遵从着CE认证里面2005/20/EC这个指令，也可以以这个指令做这CE认证的。
但是医用包装材料有其特殊性，因为医用包装材料和药品及医疗器械进行长期和短期的接触，如果和药品长期接触，那么有点接近与食品药品类，如果和医疗器械长期接触，又有点类似于医疗器械，这方面的分类灭菌和非灭菌，一次性和重复性等，这些划分又一点和CE认证里面医疗器械CE认证指令MDD有所类似，因此，医用包装材料CE认证又带来了很多的复杂性。
CE认证里面并没有直接划分出医用包装材料的认证，因此，企业出口选择的时候，有了一个很大的空间，与此同时，做医用包装材料CE认证要带来了很大的麻烦和很大的顾虑，可以从欧盟包装指令和CE医疗器械MDD指令，以及ISO15378医疗包装材料质量管理体系等多个方面，综合考量，多重考虑，选择适合企业的一个模式，来处理医用包装材料出口欧盟带来的清关麻烦。