食品经营许可证网上申报流程如下：
1、登录相关系统，进入许可申报页面；
2、点击事项名称中的填写申请；
3、填写申报信息、上传申办材料；
4、打印申请表；
5、提交，企业用户对当前填写的信息确认无误后，可点击“提交”按钮，提交后，申请信息将上报至药监局。
申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
1、食品经营许可申请书;
2、营业执照或者其他主体资格证明文件复印件;
3、与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件;
4、食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。申请人委托他人办理食品经营许可申请的，人应当提交授权委托书以及人的身份证明文件。