海关联盟认证证书适用于海关联盟所有成员国，自2013年2月15日起，凡是属于海关联盟管辖范围内的产品必需申请该证书，而成员国将终止颁发各国原有的认证证书，如俄罗斯GOST-R，哈萨克斯坦GOST-K，白俄罗斯GOST-B证书。
目前，海关联盟认证证书分类两大类：
1.海关联盟国家注册证书，该证书已于2010年7月1日开始实施。该证书主要适用于2010年5月28日CU委员会No.299及其修订案中定义的卫生流行病学控制产品要获得国家注册证书。
2.海关联盟TR技术法规证书，2011年1月1日海关联盟技术法规正式生效，2011年4月1日海关联盟发布技术法规认证程序，2013年2月15日开始实施。TR技术法规证书包括TR合格证书和符合性声明两种。
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